El Dr. Cerejeira ha sido IP o coinvestigador en varios estudios clínicos con publicación de artículos científicos y presentación de resultados en reuniones internacionales y nacionales. Sus intereses de investigación se han centrado en el desarrollo de biomarcadores periféricos del delirio y, en particular, en la investigación de la comunicación cruzada entre el cerebro y el cuerpo a través de la barrera hematoencefálica. Su tesis doctoral consistió en determinar los niveles de varios biomarcadores periféricos en sujetos sometidos a cirugía electiva y relacionar los niveles de biomarcadores con la aparición de delirio. Basándose en su trabajo sugirió la «hipótesis neuroinflamatoria» del delirio y durante los últimos años ha colaborado con investigadores de diversos centros, incluyendo Portugal, Reino Unido, Italia, Brasil y Estados Unidos, en estudios que exploran esta hipótesis. Más recientemente, ha estudiado las adaptaciones homeostáticas a las enfermedades agudas y cómo éstas pueden desencadenar disfunciones cerebrales, especialmente cuando se ven afectadas por una neurodegeneración previa.